Dôležitou súčasťou každého biskupstva bolo a bude, aby vychovávalo svoje budúce kňazstvo. Počiatky takejto výchovy v dnešnej prešovskej arcidiecéze a metropólie kladieme do roku 1880. Bol založený v dobe biskupa Dr. Mikuláša Tótha. Jeho otvorenie sa datuje k dňu 12. september 1880. Tak sa po 62 rokoch, od založenia prešovského biskupstva, splnila dlhodobá túžba miestnej diecézy mať svoj vlastný seminár.
Prvým rektorom seminára sa stal kanonik prešovského sídelného biskupstva a profesor morálnej a pastorálnej teológie Alexander Rojkovics. Do seminára prišli spočiatku bohoslovci 3. a 4. ročníka prešovskej diecézy, študujúci v užhorodskom seminári, ku ktorým sa pridali študenti 7. a 8. ročníka prešovského gymnázia. V priebehu rokov 1881/1882 prišli do seminára aj ostatní bohoslovci prvého a druhého ročníka, študujúci v Užhorode. Spoločný počet bohoslovcov vo všetkých ročníkoch bol 24 spolu s troma profesormi. Kňazský seminár bol finančne podporovaný z náboženského fondu.
Keďže počet bohoslovcov v seminári sa každým rokom zvyšoval, v roku 1901 bol vypracovaný plán pre rozšírenie seminára. V čase prestavby bolo v seminári už 40 bohoslovcov a 4 profesori. Vyučovacím jazykom bola maďarčina, pretože to bolo obdobie násilnej maďarizácie. Začiatky života bohoslovcov neboli vôbec ľahké. Boli často krát odkázaní na pomoc od ľudí z mesta a vidieka.
Seminár v období biskupa Pavla Gojdiča, môžeme charakterizovať ako snahu udržať ho na duchovnej výške. Pastierskymi listami vyzýval veriacich a duchovenstvo, aby prispievali a podporovali seminár. Pre tieto účely zriadil seminárny fond tzv. Seminaristicum. Pravidelne, raz do týždňa navštevoval seminár, aby sa prihovoril duchovným slovom. Okrem iného si našiel čas na dialóg, ktorý bol spojený s riešením problémov súvisiacich s formáciou bohoslovcov po teologickej, či duchovnej stránke. Zúčastňoval sa na polročných alebo koncoročných skúškach bohoslovcov, aby tak poznal, aké sú vedomosti bohoslovcov z daných oblasti. Sľubný rozvoj seminára zastavil až rok 1950, kedy bol seminár rozpustený a predstavení seminára uväznení.
Uvoľnenie situácie nastalo až v roku 1968. Gréckokatolícka cirkev sa okrem iného začala dožadovať obnovenia svojej teologickej fakulty a formácie bohoslovcov v seminári. Štátne orgány túto žiadosť zamietli a bohoslovci tak museli študovať počas 23 rokov s obmedzujúcim počtom na rímskokatolíckych bohosloveckých fakultách v Bratislave a Litoměřiciach.
Rok 1989 znamenal pre spoločnosť zmenu. Nový politický režim priniesol skutočnú zmenu aj pre Cirkev. Gréckokatolícka cirkev v 1990 obnovila činnosť kňazského seminára a bohosloveckej fakulty. 3. novembra toho istého roku bol otvorený Kňazský seminár s Bohosloveckou fakultou v Prešove, ktorá patrila k jednej z fakúlt univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach.
Od roku 1998 patrí Kňazský seminár spolu s Teologickou fakultou k Prešovskej univerzite.
Rektori Kňazského seminára v Prešove:
2019 – ____ – Mgr. Vladimír Sekera Mikluš
2010 – 2019 – ThDr. Miroslav Dancák, PhD.
2007 – 2010 – ThDr. Marko Rozkoš PhD.
2003 – 2007 – PaedDr. Vasil Kormaník
1999 – 2003 – prof. ThDr. Vojtech Boháč st., PhD.
1996 – 1999 – PaedDr. Michal Kučera
1993 – 1996 – František Puci
1990 – 1991 – PaedDr. Vasil Kormaník
1943 – 1950 – Imrich Sedlák
1941 – 1950 – Mons. ThDr. Myron Podhájecký
1933 – 1943 – Anton Rojkovič
1928 – 1933 – Simeon Smandray
1897 – 1918 – Jozef Mižičko
Vicerektori Kňazského seminára v Prešove:
2020 – ____ – PaedDr. Peter Milenky
2016 – 2020 – Mgr. Jozef Gača
2010 – 2016 – Mgr. Jozef Urvinitka
1999 – 2007 – ThDr. Miroslav Dancák, PhD.
2007 – 2010 – ThLic. Miroslav Šimko, PhD.
1998 – 1999 – Mgr. Jozef Mati
1996 – 1997 – Mgr. Jozef Čekan
1992 – 1993 – Mgr. Peter Pavel Haľko OSBM
1990 – 1993 – Emil Turiak
1944 – 1945 – Vojtech Salamon
1943 – 1947 – Mons. Michal Sabadoš
1943 – 1943 – Pavol Rusnák
1929 – 1933 – Pavol Petrík
1923 – 1943 – Imrich Sedlák
1888 – 1899 – Ján Bezeghy
1884 – 1888 – Ján Romoňák
1881 – 1884 – Ján Gojdič
Prefekti Kňazského seminára v Prešove:
2021- ____ – Mgr. Ján Vasiľ
2011 – 2021 – Mgr. Marek Belej
2006 – 2016 – Mgr. Jozef Gača
2007 – 2010 – Mgr. Jozef Urvinitka
2002 – 2007 – Mgr. Daniel Šarišský
2001 – 2003 – ThDr. Miroslav Iľko, PhD.
1999 – 1999 – Mgr. Jozef Michalič
1998 – 2001 – Mgr. Ján Koščo
1998 – 1999 – ThDr. PaedDr. Miroslav Janočko
1997 – 1998 – SEOLic. Pavol Tomko CSsR – prefekt seminaristov a štúdium na PIO v Ríme
1996 – 1997 – Mgr. Peter Sabol
1989 – 1990 – Mons. ThDr. Ján Babjak SJ, PhD. (Kňazský seminár CMBF v BA)
1939 – 1947 – Emil Suchý
1936 – 1938 – Mons. ThDr. Myron Podhájecký
1936 – 1936 – Bazil Steranka
1933 – 1935 – Teodor Bobák
Špirituáli Kňazského seminára v Prešove
2020 – 2023 – ThLic. Ľuboslav Petričko
2020 – ____ – Mgr. Marek Kaľata
2016 – ____ – Mgr. Jozef Harvilko
2018 – 2020 – Mgr. Marcel Pisio
2017 – 2018 – Mgr. Milan Mojžiš
2014 – 2017 – ThDr. Marek Durlák
2008 – 2014 – Mgr. Jozef Paraska CSsR
2003 – 2008 – ThLic. Igor Suchý
2003 – 2016 – Mgr. Ján Karas
2001 – 2004 – ThLic. Jonáš Jozef Maxim
1999 – 2001 – Ing. Mgr. Peter Komanický
1999 – 2003 – Mgr. Marek Pulščák
1998 – 2001 – Mgr. Oto Gábor
1997 – 1998 – Mgr. Peter Sabol
1996 – 1998 – Mgr. Peter Geletka
1994 – 1996 – Mgr. Vladimír Skyba
1993 – 1995 – Mgr. Daniel Šarišský
1993 – 1994 – Mgr. Anton Mojžiš
1990 – 1993 – Mons. Peter Rusnák
1936 – 1943 – bl. ThDr. Vasiľ Hopko
Posledná zmena: 02.10.2023.